Từ năm 2009, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 83/TTg giao nhiệm vụ đào tạo trình độ Thạc sĩ cho Trường đại học Duy Tân. Để triển khai thành công chương trình đào tạo này, Đại học Duy Tân đã nỗ lực không ngừng trong việc xây dựng cơ sở vật chất hiện đại, thiết kế chương trình đào tạo chất lượng cao cũng như xây dựng đội ngũ giảng viên giỏi trong đó có nhiều giảng viên đến từ các đại học danh tiếng thế giới, đặc biệt là Mỹ.

Hiện tại, Đại học Duy Tân đào tạo trình độ Thạc sĩ với 13 chuyên ngành gồm: Quản trị Kinh doanh, Kế toán, Khoa học máy tính, Kỹ thuật Xây dựng, Tổ chức Quản lý Dược, Quan hệ Quốc tế, Kỹ thuật Điện tử, Kỹ thuật Môi trường, Luật kinh tế, Tài chính Ngân hàng, Văn học, Quản trị Dịch vụ Du lịch và Lữ hành và Điều dưỡng quốc tế Đại học Fooyin (Đài Loan).

Từ năm 2022, học viên đăng ký theo học trình độ Thạc sĩ tại Đại học Duy Tân ngoài yêu cầu đã tốt nghiệp hoặc đã đủ điều kiện công nhận tốt nghiệp đại học (hoặc trình độ tương đương trở lên) ngành phù hợp thì phải có năng lực ngoại ngữ từ Bậc 3 trở lên theo Khung năng lực ngoại ngữ 6 bậc dùng cho Việt Nam. Thời gian đào tạo Chương trình Thạc sĩ tại Đại học Duy Tân là 1.5 - 2 năm, học ngoài giờ hành chính.

Trong quá trình học tập và nghiên cứu tại Đại học Duy Tân, các học viên Cao học sẽ được nhà trường hỗ trợ và tạo điều kiện để thực hành tại các phòng thí nghiệm chuyên ngành, các phòng làm việc được thiết kế riêng, được cung cấp tài khoản riêng để có thể truy cập các nguồn tài liệu thiết yếu phục vụ học tập và nghiên cứu như IEEE/IEL, IOP, Proquest, AIP/APS, Springer Link, Web of Science,…

Hoàn thành Chương trình đào tạo Thạc sĩ tại Đại học Duy Tân, học viên Cao học sẽ: 

- Biết tự nghiên cứu và tổ chức nghiên cứu;

- Có khả năng tiếp tục nghiên cứu ở bậc Tiến sĩ;

- Có khả năng công tác tại các trường đại học và viện nghiên cứu;

- Có khả năng tiếp cận một cách khoa học đối với các vấn đề mới trong lĩnh vực chuyên môn;

- Có năng lực giao tiếp về chuyên môn bằng tiếng Anh.